14世纪时，东西方文明几乎同时陷入停滞。元朝建立后，在占领区实行高压政策，进行粗放式管理，极其粗暴落后；西方正处于黑暗的中世纪，黑死病横行，神权凌驾于皇权之上，圣经成为至高无上的真理，任何科学都被视为异端邪说，意大利思想家布鲁诺因维护日心说被活活烧死。不同的是，欧洲新兴的资产阶级同教会展开了一场反封建反迷信斗争，最终迎来文艺复兴和大航海时代。

伽利略去世那年，一场决定中国国运的大战在松山展开，以明军落败而告终。两年后清军入京，德国传教士汤若望以其天文历法方面的学识得到清廷赏识，受命继续修正历法。汤若望上书多尔衮，极力建议推行更为准确的西洋新历。从顺治二年起，西洋新历被清廷定为《时宪历》并颁行天下。

西洋新历的推行，与传统历法以及满人惯用的回回历产生严重冲突。中西历法之争历来已久，汤若望也被仇外势力视为眼中钉。顺治十七年，吴明煊上书弹劾汤若望三大罪：潜谋造反、邪说惑众、历法荒谬。前两条罪名都是莫须有，只有第三条有待商榷。但顺治帝对汤若望极为信任，未予理会，吴明煊反而因此获罪。

康熙年间，鳌拜专权，钦天监杨光先再次以同样罪名弹劾汤若望，失去顺治庇护的汤若望被下狱。经三司会审，认定“潜谋造反”为子虚乌有，“邪说惑众”罪名成立，汤若望被判处绞刑。汤若望入狱后，当天晚上就出现彗星，次日又刮起特大沙尘。凌迟决议上报当天，北京发生地震，一震就是五天。种种异象的出现，满朝君臣震恐。孝庄太后出面开释，汤若望终免得一死，比利时传教士南怀仁被流放，五名钦天监官员被斩首，《时宪历》被废除，复用大统历。

大统历行之数年，谬误越来越大，中西历法之争再次爆发，南怀仁极力建议使用《时宪历》。康熙七年，也就是汤若望去世的第三年，大统历与时宪历之间进行了一场终极大PK。在众多官员的见证下，时宪历成功预测了一起日全食。又经过数年观测证明，时宪历更为准确，新法战胜旧法，成为后来几百年官民通用的农历。

新法虽然获胜，但没有开启中国近代的科学历程。斗法失败的杨光先反而出任新的钦天监，而汤若望早已骨寒两年之久。杨光先是是传统儒生，极力反对新法和地圆说。他在《不得已》一书中驳斥道：果大地如圆球，则四旁与在下国土洼处之海水，不知何故得以不倾？真如西人所言，则西洋皆为鱼鳖，而若望不得为人矣。

科学无法战胜根深蒂固的儒家思想，最终也没能引发中国近代科学的井喷式发展，反而进一步被抑制。康熙本人酷爱西学，在代数、几何、天文、医学等方面颇有著述，《康熙皇舆全览图》更是被视为当时世界地理学的最高成就。然而，当时的小农经济社会对科学技术的需求并不高，奉行的仍然是三纲五常那一套。康熙作为一代明君，对汉人“民可使由之，不可使知之”之类的帝王之术烂熟于心，出于维护统治的考虑，最终抑制了科学在中国的发展，甚至作出销毁火器之举。

康熙之后，历代清帝对科学越来越不重视。鸦片战争时，道光皇帝惊问：“英吉利在何处？”可谓荒谬至极。清朝打输鸦片战争也在情理之中了。